Onder het bestuur ressorteren drie commissies, die actief zijn op de verschillende beleidsterreinen. De commissies bieden de leden de uitgelezen kans invloed uit te oefenen op het beleid van de KVNR. Zij brengen advies uit aan het bestuur van de KVNR ten behoeve van de beleidsvorming en werken genomen besluiten van het bestuur verder uit. De commissies staan onder voorzitterschap van een vertegenwoordiger van een KVNR-lid die geen zitting heeft in het bestuur van de vereniging.

De commissievergaderingen vinden in principe plaats op het kantoor van de KVNR, volgens een jaarlijks vast te stellen vergaderschema. Op gezette tijden vergaderen de commissies ook op andere locaties in het land, bijvoorbeeld bij een collegareder.

Een commissie kan – voor behandeling van specifieke onderwerpen - deskundigen van buiten de organisatie uitnodigen om aan haar vergaderingen deel te nemen. De leden van de KVNR kunnen altijd participeren in een commissievergadering. De drie commissies zijn:

De Commissie Arbeidszaken (CAZ) 

• arbeidszaken (arbeidsvoorwaarden, arbeidsvoorziening en sociale verzekeringen)
• bemanningszaken (personeelsbeleid, arbeidsomstandigheden en opleidingen)

De Commissie Scheepvaartpolitieke, Economische en Juridische Zaken (CEZ) 

• economische zaken (ondernemingsklimaat, financiën en fiscaliteit)
• juridische zaken (assurantiën en regelgeving)
• scheepvaartpolitieke zaken (nationaal en internationaal)

De Commissie Veiligheid en Milieu (CVM)

• milieu (emissies naar lucht en water, afval, lozingen)
• nautische zaken (navigatie, communicatie en ladingzaken)
• technische zaken (scheepstechniek, ict, piraterij en beveiliging)
• innovatie (initiëren van projectenvoorstellen en vaststellen van innovatiethema’s)

Werkgroepen
De commissies kunnen (tijdelijke) werkgroepen instellen. Zulke werkgroepen worden doorgaans ingesteld om specifieke onderwerpen diepgaand te analyseren en hierover advies aan de commissies uit te brengen. Werkgroepen bestaan meestal uit specialisten van (geassocieerde) leden en staan onder voorzitterschap van een lid van de commissie die de werkgroep heeft ingesteld.

Contactgroepen
De vereniging kent daarnaast een drietal contactgroepen. De contactgroepen kunnen aansluiting vinden bij een of meerdere commissies in de functie van een klankbordgroep. De drie contactgroepen zijn:

• Contactgroep Kapitein-eigenaren en kleine rederijen (CKE)
• Contactgroep Offshore Werkschepen (COW)
• Contactgroep Public Relations (CPR)

Bekijk hieronder het organigram van de KVNR voor een volledig overzicht van de vaste commissies, werkgroepen en contactroepen.